കോണ്‍സ്റ്റന്റൈന്‍ ചക്രവര്‍ത്തിയുടെ ഭാര്യ ഫൗസ്റ്റായാണ് സ്വന്തം ലാറ്ററന്‍ പാലസ് പോപ്പ് മില്‍റ്റിയാഡസിന് 313-ല്‍ ദാനം ചെയ്തത്. 324 നവംബര്‍ 9-ന് പോപ്പ് സില്‍വസ്റ്റര്‍ ഒന്നാമന്‍ ലാറ്ററന്‍ പാലസിന്റെ ഒരു ഭാഗം രക്ഷകന്റെ നാമത്തിലുള്ള ബസലിക്കയാക്കി അതു ലോകത്തിനു സമര്‍പ്പിച്ചു. ഒരു ദൈവാലയം ഇങ്ങനെ പൊതുവായി സമര്‍പ്പിക്കുന്നത് ചരിത്രത്തില്‍ ആദ്യത്തെ സംഭവമായിരുന്നു. അന്നത്തെ ചടങ്ങ് വളരെ ലളിതമായിരുന്നു. എന്നാല്‍, ഇന്ന് ഒരു ദൈവാലയം പൊതുജനത്തിനു സമര്‍പ്പിക്കുന്ന ചടങ്ങിന് ഉപയോഗിക്കുന്ന സുദീര്‍ഘമായ പ്രാര്‍ത്ഥനകളും മറ്റും 9-ാം നൂറ്റാണ്ടു മുതല്‍ പ്രാബല്യത്തിലുള്ളതാണ്. ലാറ്ററന്‍ പാലസിന്റെ ശേഷിച്ച ഭാഗം പോപ്പുമാരുടെ താമസത്തിനും മറ്റുമായി പിന്നീടുള്ള ആയിരം വര്‍ഷം ഉപയോഗിച്ചു. പക്ഷേ, ഇന്ന് അതൊരു മ്യൂസിയമാണ്.
നാലാം നൂറ്റാണ്ടിനും 16-ാം നൂറ്റാണ്ടിനുമിടയില്‍ അഞ്ച് എക്യുമെനിക്കല്‍ കൗണ്‍സിലും ഇരുപത് സിനഡും ഈ ബസലിക്കായില്‍ വച്ചു നടന്നു. 12-ാം നൂറ്റാണ്ടിനുശേഷം, വിശുദ്ധരായ സ്‌നാപകയോഹന്നാനോടും യോഹന്നാന്‍ ശ്ലീഹായോടുമുള്ള ബഹുമാനാര്‍ത്ഥം ഈ ബസലിക്ക സെ. ജോണ്‍ ലാറ്ററന്‍ എന്നറിയപ്പെടാന്‍ തുടങ്ങി. യഥാര്‍ത്ഥത്തില്‍, ഇന്നത്തെ വത്തിക്കാന്റെ സ്ഥാനമായിരുന്നു അന്ന് ലാറ്ററന്-അതായത് കത്തോലിക്കാസഭയുടെ ആസ്ഥാനം.
ബസലിക്കായുടെ മേല്‍ കാലം കനത്ത പ്രഹരങ്ങള്‍ ഏല്പിച്ചിട്ടുണ്ട്. യുദ്ധവും ഭൂമികുലുക്കവും അഗ്നിബാധയും മൂലം അതിന്റെ യഥാര്‍ത്ഥ രൂപം തന്നെ നഷ്ടപ്പെട്ടു. 1646-ല്‍ പോപ്പ് ഇന്നസെന്റ് പത്താമന്റെ നേതൃത്വത്തില്‍ ഫ്രാന്‍സെസ്‌കോ ബാറോമിനിയാണ് അതിന്റെ ഇന്നത്തെ രൂപംമെനഞ്ഞത്. 1735-ല്‍ അലക്‌സാണ്ടര്‍ ഗലിലേയി ലാറ്ററന്റെ മുഖം പരിഷ് കരിച്ചു. 15 ഭീമാകാരമായ പ്രതിമകള്‍ കൊണ്ടാണ് അതു മോടിപിടിപ്പിച്ചത്. ക്രിസ്തുവിന്റെയും സ്‌നാപകയോഹന്നാന്റെയും യോഹന്നാന്‍ ശ്ലീഹായുടെയും കൂടാതെ, പന്ത്രണ്ടു സഭാപാരംഗതരുടെയും പ്രതിമകള്‍.
കത്തോലിക്കാസഭയുടെ ഈ പുണ്യസങ്കേതത്തില്‍ വിശുദ്ധരായ പത്രോസിന്റെയും പൗലോസിന്റെയും ശിരസ് വെള്ളിപ്പാത്രങ്ങളിലാക്കി സൂക്ഷിച്ചിട്ടുണ്ട്. പ്രധാന അള്‍ത്താരയുടെ അടിയില്‍, പത്രോസ് വി. ബലിയര്‍പ്പിക്കാന്‍ ഉപയോഗിച്ചിരുന്ന തടികൊണ്ടുള്ള മേശയുടെയും, കര്‍ത്താവ് ഒടുവിലത്തെ അത്താഴത്തിന് ഉപയോഗിച്ച മേശയുടെയും അവശിഷ്ടങ്ങള്‍ സൂക്ഷിച്ചിട്ടുണ്ട്.