ഈശോസഭയുടെ സുപ്പീരിയര്‍ ജനറലും ഫ്രാന്‍സിസ് പാപ്പയുടെ ഗുരുവും ആയിരുന്ന പേദ്രോ അരൂപ്പെയെ വിശുദ്ധനായി പ്രഖ്യാപിക്കുന്നതിനുള്ള നടപടികളുടെ പ്രാഥമിക ഘട്ടത്തിനു റോം രൂപതയില്‍ തുടക്കമായി. സ്പെയിന്‍ സ്വദേശിയായിരുന്ന ഫാ. അരൂപ്പെ 1965 മുതല്‍ 1983 വരെ ഈശോസഭയ്ക്കു നേതൃത്വം നല്‍കി. രണ്ടാം വത്തിക്കാന്‍ കൗണ്‍സിലിനെ തുടര്‍ന്ന് സഭാജീവിതം സംഭവബഹുലമായിരിക്കെ സഭയിലെ ഏറ്റവും ശക്തമായ സന്യാസസമൂഹത്തിനു നേതൃത്വം നല്‍കിയ വ്യക്തിത്വമെന്ന നിലയില്‍ ചരിത്രപരമാണ് അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ സംഭാവനകള്‍. 1967 മുതല്‍ 82 വരെ സന്യാസസഭാമേധാവികളുടെ സംഘടനയുടെ അദ്ധ്യക്ഷനും അദ്ദേഹമായിരുന്നു. ഫ്രാന്‍സിസ് പാപ്പയും അരൂപ്പെയും തമ്മില്‍ സവിശേഷമായ വ്യക്തിബന്ധം നിലനിന്നിരുന്നുവെന്ന് പാപ്പയുടെ ജീവചരിത്രകാരനായ ഓസ്റ്റിന്‍ ഇവെറീഗ് എഴുതിയിട്ടുണ്ട്. 1973-ല്‍ ഫാ. ബെര്‍ഗോളിയോ എന്ന ഇന്നത്തെ പാപ്പയെ ഈശോസഭയുടെ അര്‍ജന്‍റീനിയന്‍ പ്രൊവിന്‍ഷ്യലായി നിയമിച്ചത് ഫാ. അരൂപ്പെ ആയിരുന്നു.

തൊഴിലുകൊണ്ട് ഡോക്ടറായതിനു ശേഷമാണ് അരൂപ്പെ ഈശോസഭയില്‍ ചേര്‍ന്നു വൈദികനായത്. ജപ്പാനില്‍ മിഷണറിയായി സേവനം ചെയ്യുമ്പോഴാണ് ഹിരോഷിമായിലെ ആണവാക്രമണം നടക്കുന്നത്. തുടര്‍ന്ന് താന്‍ ജോലി ചെയ്തിരുന്ന നൊവിഷ്യേറ്റ് ഒരു താത്കാലിക ആശുപത്രിയാക്കി മാറ്റി അവിടെ യുദ്ധത്തിന്‍റെ ഇരകള്‍ക്ക് ചികിത്സ നല്‍കാന്‍ തന്‍റെ വൈദ്യശാസ്ത്രപരിശീലനത്തിന്‍റെ പിന്‍ബലത്തില്‍ അരൂപ്പെയ്ക്കു സാധിച്ചു. പിന്നീട് ജപ്പാനിലെ ഈശോസഭാ പ്രൊവിന്‍ഷ്യലായി മാറി.

വത്തിക്കാന്‍ കൗണ്‍സില്‍ സമാപിക്കുന്നതിന് ആറു മാസം മുമ്പ് അരൂപ്പെ ഈശോസഭയുടെ ആഗോളമേധാവിയായി. ഈശോസഭയില്‍ അരൂപ്പെ നടത്തിയ പരിഷ്കരണങ്ങള്‍ പോള്‍ ആറാമന്‍ മാര്‍പാപ്പ ഉള്‍പ്പെടെയുള്ളവരുടെ എതിര്‍പ്പുകള്‍ക്കു കാരണമായി. ക്രൈസ്തവര്‍ക്കിടയില്‍ ആശയക്കുഴപ്പങ്ങളും സഭയ്ക്കും പാപ്പയ്ക്കും ആശങ്കയും സൃഷ്ടിക്കുന്നതാണ് ഈശോസഭാനേതൃത്വത്തിന്‍റെ നടപടികളെന്ന് പിന്നീട് ജോണ്‍ പോള്‍ രണ്ടാമന്‍ മാര്‍പാപ്പയും കുറ്റപ്പെടുത്തി. ഈശോസഭയിലും അരൂപ്പെയ്ക്കെതിരെ എതിര്‍ശബ്ദങ്ങളുണ്ടായി. ഈ സംഘര്‍ഷങ്ങളെ ലഘൂകരിക്കുന്നതില്‍ ഫാ. ബെര്‍ഗോളിയോ പങ്കുവഹിച്ചിട്ടുണ്ടെന്ന് അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ ജീവചരിത്രകാരന്‍ എഴുതുന്നു. 1981-ല്‍ അരൂപ്പെ ഈശോസഭാ ജനറല്‍ പദവിയില്‍നിന്നു രാജിവച്ചു. രണ്ടു വര്‍ഷത്തിനു ശേഷമാണ് ഫാ. കോള്‍വെന്‍ബാക് ഈശോസഭാ മേധാവിയായി തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടത്.