സമ്പന്നരായ മാതാപിതാക്കളില്‍ നിന്ന് രാജകൊട്ടാരത്തിന്റെ സമ്പന്നതയിലേക്കു പിറന്നുവീണ ജോണിന്റെ ജന്മദേശം പോര്‍ട്ടുഗല്‍ ആയിരുന്നു. ബാല്യത്തിലേ മര്യാദക്കാരനായിരുന്ന ജോണിന്റെ ഭക്തിനിര്‍ഭരമായ ജീവിതം അലസന്മാരായ കൂട്ടുകാര്‍ക്ക് ഇഷ്ടമായിരുന്നില്ല.
ബാല്യത്തില്‍ ജോണിന് സാരമായ ഒരു രോഗം ബാധിച്ചെന്നും വി. ഫ്രാന്‍സിസ് സേവ്യറിന്റെ ഭക്തയായ അമ്മ പ്രാര്‍ത്ഥിച്ച് ജോണിന്റെ അസുഖം ഭേദമായെന്നും ഒരു കഥയുണ്ട്. അതിനുശേഷം, വിശുദ്ധനോടുള്ള സ്‌നേഹസൂചകമായി ആ അമ്മ ജോണിനെ വിശുദ്ധന്റെ വേഷം ധരിപ്പിച്ച് ഒരു വര്‍ഷം നടത്തി. ഈ സമയംകൊണ്ട് ജോണിന് ആ വേഷത്തോട് അടങ്ങാത്ത താല്പര്യം തോന്നിത്തുടങ്ങി. വേഷം ധരിക്കുക മാത്രമല്ല, വി. ഫ്രാന്‍സിസ് സേവ്യറിനെപ്പോലെ പ്രവര്‍ത്തിക്കുവാനുള്ള അഭിനിവേശവും വളര്‍ന്നുവന്നു.
അങ്ങനെ 15-ാമത്തെ വയസ്സില്‍ ജോണ്‍ സൊസൈറ്റി ഓഫ് ജീസസ് സഭയില്‍ അംഗമായി. സമര്‍ത്ഥനായ ഈ വിദ്യാര്‍ത്ഥി പഠനത്തില്‍ പ്രശസ്തമായ വിജയം നേടി. അതുകൊണ്ട്, പൗരോഹിത്യസ്വീകരണത്തിനുശേഷം അദ്ദേഹത്തെ പോര്‍ച്ചുഗലില്‍ത്തന്നെ നിറുത്താനായിരുന്നു സഭയുടെ താല്പര്യം. പക്ഷേ, ദൈവഹിതം മറിച്ചായിരുന്നു. 1673-ല്‍ 16 സഹവൈദികരോടൊപ്പം അദ്ദേഹം ഗോവയിലേക്കു കപ്പല്‍ കയറി. പിന്നീടുള്ള ജീവിതകാലം മുഴുവന്‍ തന്നെ, എല്ലാ പ്രതികൂലസാഹ ചര്യങ്ങളെയും മറികടന്ന് ദക്ഷിണേന്ത്യയില്‍ മിഷന്‍ പ്രവര്‍ത്തനം നടത്തി.
ജോണ്‍ ഇന്ത്യയിലേക്കു യാത്ര തിരിക്കുന്ന വിവരമറിഞ്ഞ്, അദ്ദേഹത്തിന്റെ അമ്മ എല്ലാവിധ സ്വാധീനങ്ങളും ഉപയോഗിച്ച് യാത്ര തടസ്സപ്പെടുത്തുവാന്‍ ശ്രമം നടത്തി. പക്ഷേ, ജോണ്‍ പറഞ്ഞു: "ഭൗതിക ലോകത്തുനിന്ന് സന്യാസജീവിതത്തിലേക്കു ക്ഷണിച്ച ദൈവം ഇപ്പോള്‍ എന്നെ പോര്‍ച്ചുഗലില്‍നിന്ന് ഇന്ത്യയിലേക്കു ക്ഷണിക്കുന്നു."
മധുരമിഷന്റെ സുപ്പീരിയറായിരിക്കെ ആ പ്രദേശം മുഴുവന്‍ കഷ്ടപ്പെട്ട് കാല്‍നടയായി സഞ്ചരിച്ചിരുന്നു. അന്ന് അദ്ദേഹത്തിന്റെ സഹപ്രവര്‍ ത്തകര്‍ യൂറോപ്പിലേക്ക് അയച്ച കത്തുകളില്‍ നിന്ന് ജോണിന്റെ ധീരതയും ഭക്തിയും ഉത്സാഹവുമെല്ലാം നമുക്കു മനസ്സിലാക്കാം. ആ പ്രവര്‍ത്തനങ്ങള്‍ക്കെല്ലാം ഉചിതമായ ഫലം ലഭിക്കുകയും ചെയ്തു.
അങ്ങനെ 14 വര്‍ഷത്തെ കഠിനാദ്ധ്വാനം-ഉപദേശപ്രസംഗം, മനഃപരിവര്‍ത്തനം, മാമ്മോദീസ-എല്ലാം കഷ്ടപ്പാടുകള്‍ നിറഞ്ഞതായിരുന്നു. അവസാനം അദ്ദേഹം തടവിലാക്കപ്പെട്ടു; പീഡിപ്പിക്കപ്പെട്ടു. അങ്ങനെ മരണാസന്നനായ അദ്ദേഹത്തോടു രാജ്യം വിട്ടുപോകാന്‍ ആജ്ഞാപിച്ചു. 1683-ല്‍ ആയിരുന്നു അത്. എല്ലാ തടസ്സങ്ങളെയും തട്ടിത്തെറിപ്പിച്ചുകൊണ്ട് ജോണ്‍ 1691-ല്‍ പ്രവര്‍ത്തനങ്ങള്‍ സജീവമാക്കി. എന്നാല്‍, സ്‌നാപകയോഹന്നാനെപ്പോലെ ഒരു ദുഷ്ടസ്ത്രീയുടെ കോപത്തിന് അടിമയായി, രക്തസാക്ഷിയായി.