തന്റെ സുഹൃത്തും നിരീശ്വരചിന്തകനുമായ പത്രപ്രവര്‍ത്തകന്‍ യൂജെനിയോ സ്‌കാള്‍ഫാരിയുടെ നിര്യാണത്തില്‍ ഫ്രാന്‍സിസ് മാര്‍പാപ്പ കടുത്തു ദുഃഖം പ്രകടിപ്പിച്ചു. സ്‌കാള്‍ഫാരിയുമായി നടത്തിയ സംഭാഷണങ്ങളെയും കൂടിക്കാഴ്ചകളെയും കുറിച്ചുള്ള ഓര്‍മ്മകള്‍ പാപ്പായ്ക്ക് എന്നും പ്രിയപ്പെട്ടതാണെന്നു വത്തിക്കാന്‍ വക്താവ് പത്രക്കുറിപ്പില്‍ അറിയിച്ചു.
മാര്‍പാപ്പയുമായി നടത്തിയ സംഭാഷണങ്ങളെ ആസ്പദമാക്കി സ്‌കാള്‍ഫാരി പ്രസിദ്ധപ്പെടുത്തിയിരുന്ന ലേഖനങ്ങള്‍ പലപ്പോഴും വിവാദങ്ങളുയര്‍ത്തിയിരുന്നു. പാപ്പാ പറഞ്ഞതായി ഇദ്ദേഹം എഴുതിയിരുന്ന പല കാര്യങ്ങളെയും പാപ്പാ തിരുത്തുകയും വത്തിക്കാന്‍ വിശദീകരണം നല്‍കുകയും ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. നരകം യഥാര്‍ത്ഥത്തില്‍ നിലവിലില്ലെന്നു പാപ്പാ പറഞ്ഞുവെന്നായിരുന്നു ഒരു വിവാദപരാമര്‍ശം. എന്നാല്‍ ഇതൊന്നും പാപ്പായുടെ വാക്കുകളായിരുന്നില്ലെന്നും സ്‌കാള്‍ഫാരിയുടെ വ്യാഖ്യാനങ്ങള്‍ മാത്രമായിരുന്നുവെന്നും അതിന്റെ ഉത്തരവാദിത്വം പൂര്‍ണമായും അദ്ദേഹത്തിനു മാത്രമാണെന്നും വത്തിക്കാന്‍ വ്യക്തമാക്കി.
വത്തിക്കാന്റെ നിഷേധക്കുറിപ്പുകള്‍ പില്‍ക്കാലത്ത് സ്‌കാള്‍ഫാരിയും ഏറെക്കുറെ ശരി വയ്ക്കുകയായിരുന്നു. പാപ്പായുമായി സംസാരിക്കുമ്പോള്‍ സംഭാഷണം താന്‍ റെക്കോഡ് ചെയ്യുകയോ എഴുതിയെടുക്കുകയോ ചെയ്യാറില്ലായിരുന്നുവെന്നും അദ്ദേഹം വിശദീകരിച്ചു. സംസാരിക്കുമ്പോള്‍ ആ വ്യക്തിയെ മനസ്സിലാക്കാനാണു താന്‍ ശ്രമിക്കുക. അതിനു ശേഷം അദ്ദേഹം പറഞ്ഞത് എന്റെ സ്വന്തം വാക്കുകളിലാണു ഞാന്‍ ആവിഷ്‌കരിക്കുക. പാപ്പായുടേതായി ഞാന്‍ എഴുതിയ പല വാക്യങ്ങളും യഥാര്‍ത്ഥത്തില്‍ അദ്ദേഹം പറഞ്ഞതായിരുന്നില്ല. - സ്‌കാള്‍ഫാരി സമ്മതിച്ചു.
പക്ഷേ ഈ വിവാദങ്ങളൊന്നും സ്‌കാള്‍ഫാരിയുടെയും പാപ്പായുടെയും വ്യക്തിപരമായ സൗഹൃദത്തെ ബാധിച്ചില്ല. മരിക്കുമ്പോള്‍ 98 വയസ്സായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്. ഇറ്റലിയിലെ പ്രസിദ്ധമായ ഇടതുപക്ഷ മാധ്യമമായ ലാ റിപ്പബ്ലിക്ക സ്ഥാപകനായിരുന്നു അദ്ദേഹം.