വി. ജോണ് 25 വയസ്സുവരെ പിതാവിനൊപ്പം ആശാരിപ്പണികളില് മുഴുകി ജീവിച്ചു. അതു കഴിഞ്ഞാണ് കൂടുതലായി ദൈവിക ചിന്തകള് മനസ്സിനെ അലട്ടിത്തുടങ്ങിയത്. വൈകാതെ മരുഭൂമിയില് വിജനമായ ഒരു സ്ഥലത്തു പോയി ഏകാന്തതയില് മുഴുകി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഗുരുപലതരത്തില് അദ്ദേഹത്തെ പരീക്ഷിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നു. വലിയ കല്ലുകള് ഉരുട്ടിച്ചു. ഉണങ്ങിയ മരം നനച്ചു സംരക്ഷിക്കാന് ആവശ്യപ്പെട്ടു, അങ്ങനെ പലതും എല്ലാം ജോണ് നിഷ്കളങ്കമായി അനുസരിച്ചു.
അങ്ങനെ 16 വര്ഷത്തെ പരിശീലനത്തിനുശേഷം ജോണ് ഒരു ഉയര്ന്ന മലയുടെ മുകളില് കയറി ഒരു അറയില് ദൈവത്തെയും ആത്മാവിനെയും പറ്റിയുള്ള ധ്യാനത്തില് മുഴുകി കഴിഞ്ഞുകൂടി. തന്നെപ്പറ്റി കൂടുതല് അറിയുന്തോറും അദ്ദേഹം തന്നെത്തന്നെ കൂടുതല് അവിശ്വസിച്ചു. അതുകൊണ്ട് അവസാനത്തെ 50 വര്ഷം ഒരു സ്ത്രീയെപ്പോലും കാണാതെ കഴിച്ചുകൂട്ടി. പുരുഷന്മാരെപ്പോലും വളരെ അപൂര്വ്വമായിട്ടേ കണ്ടിരുന്നുള്ളു. എന്നാല് ഈ പരിത്യാഗത്തിന്റെയും ആത്മസംയമനത്തിന്റെയും ഫലമായി, തന്നെ സന്ദര്ശിച്ചു സംസാരിച്ചവര്ക്കെല്ലാം ആനന്ദവും സന്തോഷവും ലഭിച്ചു. മേലധികാരികളെ പൂര്ണ്ണമായി അനുസരിച്ച് എല്ലാ ജീവജാലങ്ങളുടെയും മേല്, അങ്ങനെ, പൂര്ണ്ണമായ അധികാരവും നിയന്ത്രണവും അദ്ദേഹത്തിനു ലഭിച്ചു.
വിശുദ്ധയായ ഒരു സ്ത്രീയെ നേരില് കാണാതിരിക്കാനായി വി. ജോണ് അവള്ക്കു ദര്ശനത്തില് പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ട കഥ വി. അഗസ്തിനോസ് വിവരിക്കുന്നുണ്ട്. പ്രലോഭനങ്ങള് ധാരാളമുണ്ടായിരുന്നു. പക്ഷേ, പ്രാര്ത്ഥന അനുസ്യൂതം തുടര്ന്നുകൊണ്ടിരുന്നു. ദൈവവുമായുള്ള നിരന്തരസമ്പര്ക്കം വഴി അദ്ദേഹം തന്നെ സന്ദര്ശിച്ചവര്ക്ക് രോഗശാന്തിയും മറ്റനുഗ്രഹങ്ങളും നല്കി സന്തുഷ്ടരാക്കി, എല്ലാ ആഴ്ചയും രണ്ടു ദിവസം തന്നെ സന്ദര്ശിച്ചവരോട് ഒരു ജനാലയിലൂടെ അദ്ദേഹം സംസാരിച്ചു; അനുഗ്രഹങ്ങള് വര്ഷിച്ചു; ഭാവി പ്രവചിച്ചു.
അവസാനത്തെ മൂന്നു ദിവസം അദ്ദേഹം സമ്പൂര്ണ്ണമായി ദൈവത്തിനു സമര്പ്പിച്ചു. മൂന്നാം ദിവസം മുട്ടിന്മേല് നിന്നു പ്രാര്ത്ഥിച്ചു കൊണ്ടുനില്ക്കുമ്പോള് ആത്മാവ് അദ്ദേഹത്തെ വിട്ടകന്നു. അത് 394 ല് ആയിരുന്നു.