സാധാരണ രീതിയിൽ സഭയുടെ മധ്യകാലഘട്ടത്തെ ഇരുണ്ട യുഗം (ഡാർക്ക് ഏജ്) എന്ന രീതിയിലാണ് ചിത്രീകരിക്കുന്നത്. ഇതിന് പല കാരണങ്ങൾ ഉണ്ട്. കരോലിഞ്ചിയൻ സാമ്രാജ്യത്തിനുശേഷം സഭയിൽ ഒരുപാട് തകർച്ചകൾ സംഭവിച്ചു.
ഇരുണ്ട കാലഘട്ടത്തിലേക്ക് നയിച്ച കാരണങ്ങൾ നിരവധിയാണ്. ഒരു പ്രധാന കാരണം സഭയും രാഷ്ട്രവും തമ്മിലുള്ള കൂട്ടുകെട്ടുകളാണ്. മാർപാപ്പ ഒരു രാഷ്ട്രത്തിന്റെ - പേപ്പൽ സ്റ്റേറ്റ് ഭരണാധികാരി കൂടെ ആയപ്പോൾ തന്റെ ആത്മീയവും ഭൗതികവുമായ സ്ഥാനങ്ങൾ (മാർപ്പാപ്പ എന്ന സ്ഥാനവും പേപ്പൽ സ്റ്റേറ്റിന്റെ ഭരണാധികാരി എന്ന സ്ഥാനവും) സംരക്ഷിക്കുന്നതിന് മറ്റ് രാജാക്കന്മാരെ ആശ്രയിക്കേണ്ടി വന്നു. ഇത് പേപ്പസിയുടെ മാഹാത്മ്യം കുറച്ചു. രാജാക്കന്മാർ സഭാ ഭരണത്തിൽ ഇടപെട്ടു. തന്നെ സംരക്ഷിക്കുന്ന രാജാവിന് മാർപ്പാപ്പമാർ വിധേയപ്പെടുന്ന അവസ്ഥ സംജാതമായി. സാഹചര്യം അനുസരിച്ച് വിവിധ സാമ്രാജ്യങ്ങളും ചക്രവർത്തിമാരും തമ്മിൽ മാർപ്പാപ്പമാർ കൂട്ടുകെട്ടുകൾ ഉണ്ടാക്കി. ഏതെങ്കിലും രാജാവിനെ അനുസരിക്കാതിരുന്നാൽ അവർ റോം ആക്രമിക്കുകയും പാപ്പയെ തടവുകാരൻ ആക്കുകയും ചെയ്തു.
മാർപാപ്പമാരുടെയും മെത്രാന്മാരുടെയും തിരഞ്ഞെടുപ്പിൽ രാജാക്കന്മാർ ഇടപെട്ടു. രാജാവിന്റെ അനുവാദം ഇല്ലാതെ മാർപ്പാപ്പയെ തിരഞ്ഞെടുക്കാനാവാത്ത സ്ഥിതി ഉണ്ടായി. ഇത് മാർപ്പാപ്പമാരുടെ സ്ഥാനത്തിന്റെ ഔന്നത്യത്തിന് ഭംഗം വരുത്തി. വിവാഹിതരായ മാർപ്പാപ്പമാർ സഭയിൽ ഉണ്ടായി. ഒൻപതാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ മധ്യത്തിൽ ഒരു സ്ത്രീ മാർപ്പാപ്പ ആയെന്ന് ആരോപണം ഉണ്ടെങ്കിലും ഇതിന് ശാസ്ത്രീയമായ തെളിവുകളോ ഡോക്യുമെന്റുകളോ ഇല്ല. ബ്രഹ്മചര്യം പാലിക്കാത്ത വൈദികരും മെത്രാന്മാരും സഭയിൽ ഉണ്ടായി.
ആന്റി പോപ്പ് - രാജാക്കന്മാരുടെ ഇടപെടലിന്റെ ഏറ്റവും അപകടകരമായ ഫലം ഒരേസമയം രണ്ട് മാർപ്പാപ്പമാർ സഭയിൽ ചില കാലഘട്ടങ്ങളിൽ ഉണ്ടായി എന്നതാണ്. പുതിയ പാപ്പയെ തിരഞ്ഞെടുത്താലും രാജാക്കന്മാരുടെ എതിർപ്പ് കണക്കിലെടുത്ത് മറ്റൊരാളെ തിരഞ്ഞെടുക്കേണ്ടി വന്നു. ഇങ്ങനെ തിരഞ്ഞെടുക്കുന്ന പാപ്പയെയാണ് ആന്റി പോപ്പ് എന്ന് വിളിച്ചിരുന്നത്. ആദ്യം തിരഞ്ഞെടുക്കുന്ന പാപ്പ സ്ഥാനത്യാഗം ചെയ്യാൻ പലപ്പോഴും തയ്യാറായിരുന്നില്ല. മാർപ്പാപ്പമാരുടെ വിശുദ്ധിയില്ലായ്മയും അധികാരഭ്രമവും പരുക്കൻ സ്വഭാവങ്ങളും മറ്റൊരു പാപ്പയെ തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിന് കാരണമായിട്ടുണ്ട്.
ഈ കാലഘട്ടത്തിലെ പ്രകടമായ രണ്ട് തിന്മകളാണ് സൈമണിയും നിപ്പൊട്ടിസവും. പണം അല്ലെങ്കിൽ സ്വത്ത് നൽകി സഭയിലെ അധികാരവും സ്ഥാനങ്ങളും സ്വന്തമാക്കിയിരുന്നു. ഇതിനെയാണ് സൈമണി എന്ന് വിളിച്ചിരുന്നത്. നിപ്പൊട്ടിസം സഭയിലെ സ്ഥാനമാനങ്ങൾ ബന്ധുക്കൾക്ക് കൈമാറിയിരുന്ന അവസ്ഥയാണ്. മാർപ്പാപ്പമാരുടെയും മെത്രാന്മാരുടെയുമെല്ലാം പിൻഗാമിയായി അവർ തങ്ങളുടെ ബന്ധുക്കളെ തന്നെ നിയമിച്ചു. കുടുംബ താത്പര്യങ്ങൾ പലപ്പോഴും സഭാ ഭരണത്തിൽ കടന്നുകൂടി.
ഈ കാലഘട്ടങ്ങളിലും വിശുദ്ധരായ മാർപ്പാപ്പമാരും മെത്രാന്മാരും സന്യാസ പ്രസ്ഥാനങ്ങളും സഭയിൽ ഉണ്ടായിട്ടുണ്ട്. സഭാ നവീകരണത്തിനുള്ള പരിശ്രമങ്ങൾ മാർപ്പാപ്പമാരും സന്യാസഭവനങ്ങളും നടത്തിയിട്ടുണ്ട്. എന്നാൽ സഭയിൽ സമ്പൂർണമായ മാറ്റം കൊണ്ടുവരുവാൻ ഇവയ്ക്ക് സാധിച്ചില്ല.
